公司成立于2008年7月，原名淮安市清元國有資產管理公司，是由淮安市政府出資組建的國有（法人獨資）內資企業，主要承擔授權范圍內的國有資產投資、管理和運營。
　　2012年6月，公司更名為淮安市清元科技產業有限公司，注冊資本10300萬元。經營范圍為：軟硬件科技開發；電子元件、家用電器、通訊設備、電腦、建材、機械設備、辦公設備、日用百貨、服裝、農副產品銷售；國有資產投資與管理；企業管理服務；投資項目管理；園林綠化工程施工；旅游飯店住宿服務；物業管理；保潔服務；教育培訓等。
　　2013年5月，淮安市清元科技產業有限公司100%國有股權10300萬元無償劃轉給淮安市白馬湖投資發展有限公司，劃轉后的市清元科技產業有限公司作為子公司，具有獨立法人資格。
　　2020年9月，淮安市白馬湖投資發展有限公司以出資和股權劃撥方式對清元科技產業有限公司進行增資，公司注冊資本為12625萬元人民幣。
　　2021年7月23日,市政府《關于組建(重組)市屬企業的通知》(淮政發〔2021〕16號),市白馬湖公司并入淮安市文化旅游集團股份有限公司(以下簡稱“市文旅集團”),市文旅集團和白馬湖公司為一套班子兩塊牌子。淮安市清元科技產業有限公司成為市文旅集團（市白馬湖公司）的子公司。